2009, Çanakkale ve İstanbul Boğazları için köprü projelerinin bir anlamda karara bağlandığı yıl oldu. Haziran ayında İBB Başkanı Kadir Topbaş'ı ziyaret eden Bayındırlık ve İskan Bakanı Mustafa Demir, "Bir mimar ve bakan olarak çok güzel dizayn edilmiş, amacına hizmet eden 3. bir köprünün çok yararlı olacağını düşünüyorum" diyerek destekledi 3. köprüyü. Ulaştırma Bakanı Binali Yıldırım'ın "İstanbul’u Karadeniz’e bağlayan yeşil alanları hiçbir şekilde tahrip etmeyecek, yerleşimi kuzeye mümkün olduğunca yaymayacak, buna karşılık kamulaştırma bedeliyle kamu maliyetini artırmayacak, batıdan doğuya olan transit trafiği alacak bir güzergah" açıklamasıyla arsa spekülatörlerine de gün doğmuş oldu. Köprü karşıtları Bakan Yıldırım ile aynı fikirde değillerdi. Orman Mühendisleri Odası Marmara Bölge Başkanı Besim Sertok, 3. köprü için yapılacak otoyol ve bağlantı yolları ile 5 bin hektarlık yani Belgrad Ormanı büyüklüğündeki ağaç varlığının yok olacağına dikkat çekti. Meslek odalarının tepkisi de çok sertti: Ankara yine İstanbul'u satmaya soyunuyor. 3. köprüyle ilgili en önemli eleştirilerden biri de 1/100 bin Ölçekli Çevre Düzeni Planı’nda bulunmamasıydı. Diğer eleştiriler de, köprünün yıkım getireceği, kendi trafiğini yaratacağı ve bu nedenle çözüm olamayacağı, kent nüfusunu arttıracağı yönündeydi. Doğa Derneği, TEMA, TÜRÇEK ve WWF-Türkiye (Doğal Hayatı Koruma Vakfı), ortak bir açıklama yaparak üçüncü köprünün, yalnız İstanbul’un doğasına ve sakinlerine değil, tüm Türkiye’ye yapılacak bir haksızlık olarak değerlendirdiler. Başkan Topbaş'ın itirazları yorumlama biçimi ise farklıydı: "1. Köprü’ye karşı çıkıldı. Karşı çıkanlar halen o köprüyü kullanıyor. 2. Köprü’ye karşı çıkıldı, yine onu kullanıyorlar. Bazı hocalarımız var isim vermeyeceğim. Bu hocalarımız geçmişte Sayın Başbakanımızın belediye başkanlığı sırasında 1996’da İstanbul’un 3030 sayılı yasa dönemindeki Ulaşım Master Planı’nı yaptılar, O planlar birkaç yıl sonra çöktü. Öngörüleri tutmadı. Bunu kendileri de biliyor. Bu bilim adamlarının bugün söylediklerine nasıl itibar edeceğiz, onu düşünmek lazım".