Ayasofya’daki dünyaca ünlü mozaiklerin üzerinin Fatih’in İstanbul’u fethinden sonra burayı camiye çevirmesiyle kapatıldığı bilinir. Tarih kitaplarında, halk arasında dolaşan hikâyelerde Osmanlı’nın hoşgörüsünü göstererek mozaikleri sökmeyip üzerini sıva ile kapatmakla yetindiği söylenir. Yabancı kaynaklarda ise Türklerin Ayasofya’daki mozaikleri büyük ölçüde tahrip ettiği yazar. Oysa mozaikler 1750’lerin sonlarına kadar kapatılmamıştı ve Türkler tarafından bilakis koruma altına alınmıştı.
İstanbul’un fethinden 18. yüzyılın ortalarına kadar geçen dönemde İstanbul’a gelen Avrupalı seyyahlar anılarında, o zamanlar cami olan Ayasofya’da gördükleri mozaikleri en ince detayına kadar anlatmışlar ve çizmişler. İsveç Kralı XII. Karl tarafından 1710’da İstanbul’a gönderilen istihkâm subayı Carnelius Loos mozaiklerin detaylı resimlerini çizmişti. Bu da gösteriyor ki Osmanlı mozaiklerin üzerini sıvayla dahi kapatmamıştı. Seyyahların yazdıklarına göre, namaz sırasında mozaiklerin yüzleri örtü ile kapatılıyordu. Hatta Kanuni zamanında Ayasofya ve şimdi müze olan Karya camiinde mozaikler açıkta idi ve üzerleri namaz sırasında bir örtü ya da ahşap tabaka ile kapatılıyor, namazdan sonra tekrar açılıyordu.
Mozaiklerin bir kısmı ancak 18. yüzyılın ortalarında üzerleri boyanarak veya sıvanarak kapatılmıştı. Bunun sebebi ise Ayasofya’ya gelen yabancı ziyaretçilerin yanlarına hatıra olarak bu mozaiklerden parçalar almasıydı. Hatta edebiyatçı Th. Gautier (1811-1870) bile 1853 yılında birkaç kuruş karşılığı bir avuç mozaik tanesi aldığını yazar. İşte insan boyunun yetiştiği bölgelerdeki mozaiklerde tahribatın yoğunlaştığı bu tarihlerde Ayasofya’daki mozaiklerin hepsinin üzeri sıva ile kapatılır. Ta ki Sultan Abdülmecid’in padişahlığı döneminde Ayasofya’da yapılan büyük onarıma kadar.
1847’de İtalyan İsviçre’sinden mimar Gaspare Trajano Fossati onarıma başladı ve Ayasofya’da sıva-badana altında duran mozaikleri ortaya çıkardı. Mozaiklerden çok hoşlanan Abdülmecid, yabancıların sebep olduğu tahribat ve tepkilerden çekindiği için mozaiklerin üzerini tekrar sıva ile kapattırmış. Bunları Bizans sanatı tarihçisi Semavi Eyice söylüyor. Eyice, Abdülmecid dönemindeki onarımdan sonra 100 yıl kadar mozaikleri görenin olmadığını anlatıyor.
1930’lu yıllarda Amerikalı Thomas Whittemore’un Ayasofya mozaiklerini temizlemek için Türkiye’ye başvuruda bulunması ve 1932’de çalışmalara başlamasıyla mozaikler tekrar gün yüzüne çıktı. Mozaiklerin temizlenme çalışması 1970’lere kadar sürdü. Eyice, Whittemore’un 7 yıl süren mozaikleri temizleme çalışmalarının sonucunda mozaiklerde kasıtlı tahrip ve zedelenmenin bulunmadığını söylediğini anlatıyor. Bilakis Whittemore’ye göre Türkler 500 yıl boyunca mozaikleri korudu. Eyice, camiyken mozaikleri koruyan Türklerin müze iken Ayasofya’da İslamiyet’i temsil eden her şeyden rahatsızlık duyduğunu ve kaldırmaya çalıştığını söylüyor.
Avrupalı seyyahlar mozaikleri görmüş
Bizans ve Osmanlı sanat tarihçisi Semavi Eyice, bugün kesin olarak mozaiklerin Osmanlı tarafından korumaya alındığının anlaşıldığını ve birçoğunun 18. yy’lın ortalarına kadar açık olduğunu söylüyor. Zira Avrupalı seyyahların anılarında yazdıklarına göre 1750’lerin sonlarına kadar mozaikler açıkta idi. 1538’de İstanbul’a gelen Bertrandon de la Borderie anılarında mozaiklerden bahsediyor. Yine İstanbul’a 1544 yılında gelen Jerome Maurand, cami olan Ayasofya’nın kubbesinin ortasını İsa’nın resminin süslediğini, duvarlarda İncil’den, Tevrat’tan sahnelerin resmedildiğini yazıyor.