Topkapı Sarayı’nı İstanbul 2010 Kültür Başkentliğine hazırlayan İl Özel İdaresi, daha önce aralarında Bab-ı Hümayün, Arkeoloji Binası Klasik Bina, Revan Köşkü, Adalet Kulesi ve Divit Odası, Adalet Kulesi ve Kubbealtı, Sünnet Odası, Hekim Odası, Ağalar Cami, Alay Köşkü, Jandarma Kara Mustafa Paşa Köşkü, Harem Yapıları (1. Ahmet Okuma Salonu), Has Odalar Kutsal Emanetler Dairesi ve Matba-ı Amire gibi birçok bölümün restorasyon ve onarımını bitirdi.
Son olarak projesi ve uygulaması İstanbul Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü denetiminde yapılan Bağdat Köşkü’ndeki restorasyon çalışmaları 2006 yılında başlamıştı. Köşkün restorasyonu, 2008 yılının Temmuz ayında, 1.387.452,51 YTL ödenek kullanılarak tamamlandı. Topkapı Sarayı Bağdat Köşkü’nün onarımı işinin ödeneği İstanbul İl Özel İdaresi bütçesinden karşılandı.