DLH'nın hazırladığı ilk tanıtım broşüründe, Haydarpaşa müselles hattının var olmasına ve bölge limanıyla birlikte korunmasına rağmen, daha sonra gizlice projeden çıkarıldı. Bu kararın gerekçesi ise DLH tarafından kamuoyuna aktarılmadı. Konuyla ilgili olarak BTS İstanbul 1 Nolu şube tarafından bilgi istenmesi üzerine, DLH Marmaray Bölge Müdürlüğü tarafından verilen BC1-622.02/957 sayı ve 17 Nisan tarihli cevap yazısında; "Marmaray projesinin ilk tasarımında Haydarpaşa Garı ile Marmaray Ayrılıkçeşme tünel girişi arasında bir bağlantı planlanmıştı. Ancak daha sonra kurumlar arasında yapılan görüşmeler sonucu yapımından vazgeçilmiştir" denildi.
Bölgenin SİT alanı ilan edilmesi rağmen TCDD ve İBB yönetimleri, 2007 yılında Haydarpaşa ile ilgili bir imar planı değişikliği hazırlayarak onaya gönderdi. Ayrıca İBB, 1:100.000 ölçekli planda bölgeyi 1. derece merkez olarak göstererek, 1:25.000 ölçekli planın da kapsamına aldı. TCDD yönetimi ise SİT kararının iptal edilmesi için yargıya başvurdu.