3. derece önemi haiz eserlerin yer aldığı köşk, 2004 yılında NATO Zirvesi döneminde ziyarete kapatılmıştı. Şimdilerde proje ihalesi tamamlanan köşkün restorasyonu aylarca çıkarılamayan yönetmelik yüzünden gecikti. Topkapı Sarayı'nın dördüncü avlusunda bulunan köşkün, 2006 yılının Eylül ayında ziyarete açılacağı belirtiliyor. Bağdat Köşkü'nün iç ve dış güzelliğinin görülmeye değer olduğunu dile getiren Topkapı Sarayı Müdürü Prof. Dr. İlber Ortaylı, sarayda çeşitli kurs ve sergi açacaklarını belirterek kapalı kısımların azaltılması gerektiğini kaydediyor. İstanbul Vali Yardımcısı Cumhur Güven Taşbaşı ise sarayın içinde önemli bir değere sahip olan Bağdat Köşkü'nü kullanıma açmak istediklerini vurguluyor.
Göz kamaştırıcı bir sanat eseri olan köşkün en büyük özelliği, 17. yüzyıl Osmanlı çini sanatının emsalsiz örneklerine ev sahipliği yapması. Kubbesinde ceylan derisi üzerine nakışlar yapılan köşkte, hattatlık, nakkaşlık, çinicilik, camcılık, sedefçilik, boyacılık işlerinde sanatlarının en ince, en güzel ve en üstün seviyesini görmek mümkün. Padişah I. Abdülhamid'in kurduğu ve III. Selim'in geliştirdiği Bağdat Köşkü'nün kitaplığında da çok değerli tarihî yazmalar mevcut.
Üç kapısı ve 32 penceresiyle sarayın en görkemli yapılarından biri olan köşk, balkonundan tüm Boğaz'ı ve Haliç'i kucaklıyor. Orijinal bir mimariye sahip olan köşkün, kapı, pencere ve dolapları fildişi ve sedeflerle, duvar ve kemerleri çinilerle süslenmiş. Dört kenarı dışarıya doğru çıkıntı yapan sekizgen planlı köşkü, bir kubbe örtüyor. Kubbenin eteği, son derece zarif sütunların taşıdığı geniş bir saçak halinde dışa taşıyor. Kubbenin altı ise altın yaldızla, nakışlarla, pencere ve kapı içleri renkli taş mozaiklerle, duvarlar ise dönemin en kaliteli çinileriyle kaplı. Dış duvarların alt kısmı mermerle ve renkli taşlarla, üst kısmı 17. yüzyıl çinileriyle kaplı. İçeride yaşmağı ve çerçevesi yaldızlı bakır ocak bulunuyor. Bu ocağın yanlarındaki gömme gözler, gözlerin çevresindeki çiniler de sanat eseri olarak dikkat çekiyor. Köşkün süslemelerindeki ayet-i kerimeler, sarayın ünlü hattatlarından Tophaneli Mahmut Çelebi tarafından yazılmış.
Kubbeli ve eyvanlı çokgen köşk, Osmanlı klasik saray mimarlığının son örneklerinden. Revaklarla avluya açılan köşkün cepheleri de çini kaplı. Köşk eyvanlardaki sedirleri, kubbeli orta mekânlardaki mangalları ve görkemli çini süslemeye katılan tombak ocakları ile sarayda sultanların yaşadıkları yeryüzü cennetinin somut örneği. Sultan İbrahim'in yaz akşamlarında iftar ettiği terasta, tombak, baldanken kameriye ve havuza açılan mermer şahnişin gibi detaylara da yer veren bu lüks terasta, meşveret meclislerinin de kurulduğu biliniyor.