Marmaray'da iki noktada su sızıntısı olduğu ve bu sızıntıların Marmaray'ı kullanan vatandaşların hayatını ciddi şekilde tehlikeye attığı iddia edilmişti. Bu iddialar üzerine Gümüş, su sızıntısı iddialarının acilen açıklığa kavuşturulması gerektiğini belirterek hazırladığı soru önergesi ile Bakan Binali Yıldırım'a şu soruları yöneltti: "Su sızıntısı olduğuna ilişkin söz konusu iddialar doğru mudur? Eğer doğru ise Marmaray'ın hangi bölümlerindedir? Eğer su sızıntısı varsa sızan suyun niteliği ve yapıda oluşturacağı risk tespit edilene kadar Marmaray'ın kullanımınıdurdurmayı düşünüyor musunuz?"