Marmaray'ın Eminönü ayağında yapılan çalışmalar nedeniyle müşterilerini kaybettiklerini iddia eden Hotel İpek Palas'ın sahipleri, projenin durdurulması ve projeyi yürütenler hakkında kamu davası açılması için suç duyurusunda bulundu. İstanbul 16. Noteri kanalı ile Marmaray projesini yürüten şirketlere ihtar çeken otel yönetimi, İstanbul 2. Sulh Hukuk Mahkemesi'ne de başvurarak yanı başlarındaki şantiyede gürültü ve çevre kirliliği incelemesi yapılmasını talep etti.
Talep doğrultusunda çevre ve inşaat yüksek mühendisi olan iki uzman bilirkişi tarafından yerinde inceleme yapıldı. Bilirkişiler, Marmaray şantiyesi etrafındaki perde duvarların inşaat gürültüsünü kesmede yeterli olmadığını belirledi. Ayrıca gece yapılan ölçümlerde de söz konusu şantiyeden kaynaklanan gürültü düzeyinin yönetmelikte belirtilen sınır değerlerinin üzerinde olduğu saptandı. Mahkeme internette yaptırdığı inceleme sonucunda da otelin 53 müşterisinin Marmaray projesi inşaatından rahatsız olduğunu belirledi.