Marmara'da 30'dan fazla insanın hayatını kaybettiği sel felaketi sebebiyle demiryolları da zarar gördü. Kabakçı-Çatalca arasındaki rayların bir kısmı akıntıya kapılarak kayboldu. Sirkeci-Halkalı hattı ise yapılan onarım çalışmalarının ardından önceki gün ulaşıma açıldı.
Sel felaketi, İstanbul'da demiryollarına da hasar verdi. Özellikle Kabakçı-Çatalca arasındaki demiryollarının 12 kilometrelik ray hattı büyük zarar gördü. Edirne'den Çerkezköy'e yalnızca yük trenleri gidiyor; fakat yolcu taşımacılığı yapılamıyor. Rayların bir kısmı tamamen yerinden ayrılıp akıntıya karışırken, bir kısmının zemininde kayma söz konusu. Hasar gören bir başka hat olan Sirkeci-Halkalı arası ise önceki gün banliyö seferlerine açıldı. Sel sebebiyle Halkalı tren istasyonu sular altında kaldı. İstasyonda su seviyesi 2,5 metreyi bulurken elektrik hattı çöktü. Bu sebeple trenlerden hâlâ sinyal alınamıyor.
Ayamama Deresi'nin taşması sonucunda derenin kenarında bulunan raylar sular altında kaldı. Hasardan dolayı, Sirkeci-Halkalı arası çalışan banliyö seferlerine, Çerkezköy-Çatalca arası tren seferlerine, uluslararası ve şehirlerarası taşımacılığa ara verildi. Edirne'den Çerkezköy'e yalnızca yük trenleri gidiyor; fakat yolcu taşımacılığı yapılamıyor. Yetkililer, Halkalı ve Çatalca arasındaki hasarın çok büyük olduğunu ve çalışmaların sürdürüldüğünü ifade ediyor. Bazı yerlerde ray hattının 400 metrelik kısmının tamamen yok olduğunu belirten yetkililer, eylül ayı sonuna kadar çalışmaları tamamlamak için bütün imkânlarını seferber etti. Hasarların ay sonuna kadar giderilip seferlerin bir an önce başlaması için TCDD'den toplam 80 işçi, teknik eleman ve memur çalışacak.