Japon Bankası, Japon Teknik Kuruluşu ve Pasifik Danışman Kuruluşu’ndan oluşan koordinasyon çalışma grubunun aldığı karara göre İstanbul demiryolu hatları TCDD’nin elinden tamamen alınıyor. Grubun hazırladığı raporda, Marmaray Tüp Geçidi ile Gebze’den Halkalı’ya kadar olan tüm demiryolu hattının mülkiyet ve trafik yönetiminin “Marmaray Şirketi”ne devredilmesi öngörülüyor. Rapora göre TCDD, Marmaray Projesi tamamlandığında hatlardan birinin işletmecisi yani kiracısı olacak, Marmaray banliyösü diye adlandırılan ana hatların işletmesini ise İstanbul Büyükşehir Belediyesi üstlenecek.
Marmaray Projesi’ne uygulama için özel yardım ekibi olarak dahil olan çalışma grubunun Nisan 2007’de hazırladığı ve Türk tarafına sunduğu ara rapordaki kararların, Marmaray Projesi’nin işvereni Ulaştırma Bakanlığı ve DLH Genel Müdürlüğü tarafından onaylanıp onaylanmadığı henüz netlik kazanmadı.
Ancak DLH Genel Müdürlüğü, konuyla ilgili yöneltilen sorulara daha önce, “Marmaray Projesi tamamlandığında işletmesinin hangi kurum tarafından yapılacağı konusu ile ilgili çalışmalar, bakanlık düzeyinde devam etmektedir. Bölge müdürlüğümüze konuyla ilgili henüz bir bilgi ulaşmamış olup, işletmeye dair herhangi bir görev de verilmemiştir” diye yanıt vermişti.