Niksar Kalesi içerisinde yer alan ve kitabesindeki bilgilere göre Danişmendli Emiri Nizamettin Yağıbasan tarafından 1157-1158 yıllarında yaptırılan Yağıbasan Medresesi yüzyıllardır ayakta duruyor. DHA'da yer alan habere göre; moloz taştan yapılan, kapalı avlulu, revaksız ve iki eyvanlı plana sahip Yağıbasan Medresesi, Niksar Kalesi'nin duvarları ile bütünleşiyor. Çeşitli dönemlerde restorasyondan geçirilen medrese, farklı mimari özellikleriyle dikkat çekiyor.
Yağıbasan Medresesi'nin Türklerin Anadolu topraklarındaki ilk medrese örneği olduğunu belirten Tokat İl Kültür ve Turizm Müdürü Adem Çakır, "Bu medrese sistemi daha sonra oluşan medreselerin hem mimari geleneğini hem de ilmi geleneğini oluşturması açıdan çok önemlidir. Özellikle astronomi ve matematik ağırlıklı ilk telif edilen eserler de yine buradadır. Bu medreselerin önemli bir özelliği de, Müslüman Türklerin Anadolu'ya hakimiyeti sürecinde ilk ilmi geleneğin başlaması anlamına gelir. Medrese sistemi nizamiye olarak geçer. Bağdat'ta kurulan Selçuklu dönemindeki büyük nizamiye medrese sisteminin buraya taşındığını görüyoruz. Ancak hocaların Horasan bölgesinden geldiğini görüyoruz. Burada ilk çalışmalar astronomi ve matematik alanında yapılmış" dedi.
Osmanlı medrese sisteminin kurucu olarak kabul edilen Dâvûd-i Kayserî'nin Niksar Yağıbasan Medresesi'nde 8 yıl eğitim ve hocalık yaptığını kaydeden Çakır, "Osmanlı medrese sisteminin başlangıcında da Yağıbasan medreseleri ile bağlantı kurmak mümkün. Yağıbasan medrese sistemi aynı zamanda Osmanlı medrese sisteminin de başlangıcını oluşturur. Bağdat'taki medrese sisteminin, Horasan'daki ilim geleneğinin de Osmanlı'ya taşımasında bir köprü görevi yaptığını görüyoruz" diye konuştu.