1944 yılında yıkılan Amasya Genelgesi'nin imzalandığı binanın yeniden yapılmak istenmesi yeni tartışmaları beraberinde getirdi. Binanın komutanlık yerine erat koğuşunun olduğu yere inşa edilmesinin kararlaştırıldığı ileri sürüldü.
Amasya Genelgesi'nin imzalandığı, Mustafa Kemal Atatürk 'ün 10 gün kaldığı, 1944 yılında da tamamen yıkılan Saraydüzü Kışla Komutanlık Binası, aslına uygun olarak yeniden yapılmak isteniyor. Ancak yeni binanın yeri tartışma konusu oldu. Ressam Yakup Çavuşoğlu 1929'da çekilen fotoğrafa göre, yeni binanın komutanlık yerine erat koğuşunun olduğu yere inşa edilmesinin kararlaştırıldığını iddia etti.
Kültür ve Turizm Bakanlığı, AKP'li Amasya Belediye Başkanlığı ve Amasya Valiliği'nin girişimleriyle 1935'te kısmen, 1944'te ise tamamen yıkılan Saraydüzü Kışla Komutanlık Binası'nı aslına uygun bir şekilde yeniden inşa etmek için harekete geçti. Bunun için Yavuz Selim Meydanı Çukurbahçe mevkiinde çalışmalar başlatıldı.
Ancak belirlenen alanda Amasya Genelgesi'nin hazırlandığı Komutanlık Karargâhı'nın değil, erat koğuşunun bulunduğu öne sürüldü. İddialar üzerine Amasya Valisi Mehmet Celalettin Lekesiz konunun araştırılması için yazılı olarak Kültür ve Turizm Bakanlığı'na başvurdu. Vali Lekesiz, ''Saraydüzü Kışlası hassas bir konu. Ortada iki bina var. 100 kişi ile görüştüm, yapmak istediğimiz binayı gösterdiler. Yine de bir yanlışlığa meydan vermek istemiyoruz'' dedi.
Ressam Yakup Çavuşoğlu, Saraydüzü Kışlası'nın 1929 ve 1944'te çekilmiş iki fotoğrafı bulunduğunu belirterek ''1929'da çekilen ve cam negatifi bulunan fotoğrafta komutanlık binasıyla erat koğuşunun yeri çok açık belli. Komutanlık binası küçük ve önünde askerler nöbet tuttuyor. Erat binasının önünde ise karavana çanı var ve askerler erzak indiriyor. Yeni bina, bile bile erat koğuşunun olduğu yere yapılıyor'' diye konuştu.
ADD Amasya Şube Başkanı Celal Bünyat da seçilen yerin aslına uygun olmadığını savunarak, ''Bu Atatürk'e saygısızlıktır. Binanın yapımı ticari bir amaca dönüşüyor, tarihi içeriğinden soyutlanıyor. Bina bulunduğu yere, orijinaline göre yapılmalı'' dedi.